4月1日に「直りました」宣言をしたものの、不調の状態が続いていたウチのサーバですが、やっと直ったようです。もう大丈夫（と言い切りたい・・・笑）
最終的な原因はやはりソフト上のトラブル。サーバマシンと、バックアップサーバマシンとの間で何度もファイルのコピーを繰り返していたところ、あるファイルが壊れていた様子。結果的にはそのファイルを削除したらOKでした。
ま、書くと簡単なことではあるのですが、時間がかかりましたね。いい勉強させてもらいました。
重ね重ね、不調の間にせっかくアクセスしていただいた方々には申し訳ないですが。