冒頭に申し上げておきますが、VWを擁護する意図はまったくありません。
ルール違反はルール違反。それに起因するペナルティーについては、しかるべきところが判断すればよろしい。
無用の批判・罵倒は第三者には必要ありません。嫌な方はVWに利益を与えなければ（買わなければ）いいのです。

とはいえ、まあメディア経由のニュースって、こういう技術的な内容が絡むネタって、すぐに善悪、恨み辛みの話にしたがるので当てにならず、何がおきているのかを少し調べてみました。
いくつかのサイトをめぐってみたりしたのですが、今回の騒ぎを分析した記事がありましたのでご紹介します。

【VW匠の技】似非クリーンディーゼル技術の極みを検証してみた｜膝と相談させてください
http://shimesaba.dyndns.org/?p=24043

【VW匠の技】Defeat Deviceの巧妙な作りに感動した｜膝と相談させてください
http://shimesaba.dyndns.org/?p=24081

結局、所謂”Defeat Device”が存在したということなんですね。
実は類似した問題は昔からあって何社もの自動車メーカーが炎上しています。
日本でも、「10・15モード燃費」の測定方法が実際の使用条件と離れており、カタログでの数字と実際の使用下での数字の差が大きくなりがちということで「JC08モード」が導入されていたりします。（これは排ガスの問題ではありませんが）
善し悪しはともかく、規制と実際はいたちごっこになるのは残念ながら世の結果です。

日経ビジネスにも記事がありました。意外にまともな要約になっているなぁ。

VWのディーゼル排ガス事件がこじ開けた巨大な闇｜日経ビジネス　鶴原 吉郎
http://business.nikkeibp.co.jp/atcl/report/15/264450/092400010/?P=3
（閲覧には日経IDの登録が必要です）

この話、BMW車まで飛び火しているようで、どこまで話が盛り上がる広がるのか・・・

あ、大抵の場合、こういう話って○○○社のものはマズくて、△△△社のものは安心、ってことにはならないんじゃないかなぁ。（ペナルティを食らうほどの問題になるかどうかは別として）この手の問題って、関わるメーカーにとっては共通して悩ましいってのが往々にしてあるような。